虽然人类在控制乙型肝炎病毒方面已经取得长足进步，但目前为止仍然没有可以彻底清除乙型肝炎病毒的药物问世。所有的治疗药物，似乎都存在一定的“缺陷”，总是差那么一点点。
为什么乙型肝炎病毒如此难彻底清除，主要和以下因素有关。
1.乙型肝炎病毒生命力顽强
乙型肝炎病毒的生命力太顽强了，想要对付它，难度很大。
实验研究证明，乙型肝炎病毒在外界环境中具有很强的抵抗力，通常在37℃能稳定60分钟；一般的化学消毒剂或加热到60℃持续4小时均不能将其灭活；只有煮沸10分钟或高压蒸汽℃消毒10分钟，或加热65℃持续10小时，才有可能将其杀灭。
20℃储存20年以上，仍具有抗原性及传染性。乙型肝炎表面抗原在pH2.4的条件下，能保持6小时的稳定性，但病毒的感染性消失。将乙型肝炎表面抗原阳性患者的血清涂抹于塑料贴面、铅片、布片或纸片上，在25℃的条件下可维持1周，6℃条件下可维持40天。
2.人体缺乏自发性病毒清除机制
人的免疫力是健康的重要道防线，人体对许多病原微生物都具有自发性清除机制，可以通过免疫系统的强大功能将病毒清除，然而，对乙型肝炎病毒，却缺乏自发性清除机制，乙型肝炎病毒可以通过免疫耐受来影响宿主的免疫应答，使人体与病毒长期“和平共处”。
尤其是婴儿感染后极容易产生免疫耐受性，这也是婴幼儿感染乙型肝炎病毒后，更难治愈，容易转为慢性化的原因所在。
3.乙型肝炎病毒只能抑制，难以杀灭
乙型肝炎病毒复制的原始模板为共价闭合环状DNA（乙型肝炎病毒-cccDNA），目前用于抗病毒的各种药物，如干扰素、核苷（酸）类似物，只能在乙型肝炎病毒-cccDNA以下的复制环节起作用，并不能直接作用于乙型肝炎病毒-cccDNA，表面上看乙型肝炎病毒已经清除，但乙型肝炎病毒-cccDNA仍然留在肝细胞核内，一旦条件允许，病毒就可以此为模板，重新大量复制。
所以，要彻底控制、消除乙型肝炎病毒的关键在于彻底清除肝细胞内的乙型肝炎病毒-cccDNA。这是今后在研制新的抗乙型肝炎病毒药物时的努力方向。
其次，乙型肝炎病毒基因与正常肝细胞基因敌我难分。慢性乙型肝炎患者乙型肝炎病毒基因已经与患者肝细胞中的基因发生了整合。病毒基因与肝细胞基因整合的结果是敌我难分，使现有的各种抗病毒药物对这种整合型的乙型肝炎病毒失去清除能力。