肠道菌群是指在人类肠道中定居并共存的微生物，由细菌、原生动物、古生菌、真菌和病*组成。
健康成年人的肠道含有个微生物细胞，其复杂基因组的基因数量可达人类基因组的倍。正常情况下，这些微生物和人体和谐相处，形成了一种互惠的共生关系，参与到了物质代谢、免疫调节、抵御入侵、辅助消化等方面起到重要作用，故又往往被人称作“被遗忘的器官”，而它的失调也往往与疾病密切相关。
通常来说，根据在肠道内不同的生理功能，我们把肠道菌群分为三类：共生菌、条件致病菌和病原菌。正常情况下，三者的比例适宜，处于相对平衡状态。
共生菌与人体是互利共生的关系，又称为有益菌。
我们为细菌的生活提供生存场所和营养，而这些细菌则为人体产生有益的物质来保护人类健康。我们常喝的酸奶，就含有共生菌，如乳酸菌。条件致病菌在肠道菌群内数量较少，也没有什么特殊的功能，是肠道内的“小透明”。
在正常条件下，由于大量共生菌的存在，它们并不容易繁殖造成危害。一旦给它机会任由其繁殖，就会对机体产生不良影响。
在肠道菌群中常见的致病菌是肠球菌、肠杆菌等。此外，还有一般不常驻在肠道内的“家伙”。若是不慎摄入它们，则有可能让它们在肠道内大量繁殖，释放*素，带来疾病。在致病菌的名单中还有引起食物中*的沙门氏菌、金葡菌等。
近几年的研究发现，肠道菌群失调和慢性腹泻、便秘等消化道疾病、过敏等免疫相关疾病、糖尿病、血脂异常等代谢性疾病，甚至癌症都密切相关。
随着对“肠－肝轴”概念的深入认识和对肠道微生态的研究进展。随着乙肝病程的进展，肠道菌群分类组成随之改变，整体多样性不断减少，与健康人相比，患者肠道内的有益菌，如双歧杆菌和乳酸菌水平显著降低，而肠球菌、肠杆菌的水平明显升高，而且这种改变的程度与病情的进展成正比。这些结果表明，肠道菌群与乙肝患者病情的进展存在着密切的关系。对此，科学家们应用了多种方法尝试利用它们来治疗乙肝。益生菌、益生元、粪菌移植都是尝试的对象，并且在结果上都取得了一定的进展，在缓解症状、延缓进展上取得了可喜的成果，这意味着患者将可以看到慢乙肝治疗的新曙光。
肠道里的微生物究竟如何影响肝脏，具体的机制尚未阐明。
总体可以分成下面几个方面，一方面是恢复我们因疾病进展而受损肠道屏障。现有的研究认为，乙肝患者常有肠道屏障受损，使原本定居在肠道内的微生物或其产物突破受损的屏障，进入血液循环，再回流到肝脏，其中就包含着不少细菌*素，因而导致炎症的进展。另一方面可以调节我们的免疫功能，恢复肠道微生态，从而减少有害物质的产生，减轻机体负担，维持身体的健康。
目前肠道菌群在乙肝病程进展中的作用，还有待进一步研究。同时调节肠道菌群的治疗价值也亟需更大范围、多样本的随机对照实验来评判。但可以明确的是，肠道菌群在乙肝的发生发展中起着不容忽视的作用，这对于长期接受抗病*治疗的患者来说十分令人鼓舞，希望未来更多的肠道菌群研究和菌群调节技术能为乙肝患者带来更多希望。