乙肝病毒感染早期，由于未能诱导肝细胞内显著的先天免疫反应和免疫抑制，导致受到感染肝细胞无法被完全清除，从而形成慢性感染。全球科研人员一些独特观察瞄向HBVDNA整合存在于宿主细胞基因组中，对HBVDNA整合可能会影响HBV复制、持久性以及发病机制等方向，都可能是未来科研课题。
乙肝复制周期复杂，附着/进入肝细胞开始，精密装配已在进行
慢性HBV感染开始于一般为无症状非炎症期（或称之为免疫耐受期）。这个状态特点是高HBV血清滴度和低激活（没有完全沉默）的HBV特异性CD8+T细胞。经历十年后的慢性HBV感染后，HBV特异性CD8+T细胞会变得越来活跃，从感染进展到炎症阶段，即可见的免疫介导的肝损伤和HBV滴度波动。血清转化，预示着乙肝病毒携带进入非活动期，但不是全部HBV感染肝细胞都被消除。
在这个阶段，HBV滴度较低，肝损伤进展相比前一个阶段免疫反应更缓慢。这个阶段，乙肝病毒复制有可能重新激活，导致慢性炎症和病毒学突破。少数慢性乙肝患者（每年约有1%的HBeAg阴性者）清除病毒并进展到HBsAg阴性期，在此期HBV血清DNA无法检测到，可以找到识别HBV表面抗原的抗体。像这种状态，通常将其定义为功能性治愈，即疾病停止发展。
当然，功能性治愈还不是抗HBV终点，如在免疫抑制治疗下曾观察到重新激活，表明乙肝病毒的共价闭合环状DNA（cccDNA）仍然存在于肝脏中，但转录沉默。一般而言，HBV相关的终末期肝病（包括肝硬化和肝细胞癌）发生在暴露几十年以后。HBV是由包膜病毒所组成，包膜病毒包含约3.2kbp的松弛环状双链DNA（dsDNA）基因组，包膜病毒编码衣壳，前期小番健康已有介绍。
乙肝病毒复杂的复制周期，也是目前全球开发新药的突破点，如乙肝病毒从附着和进入肝细胞开始都可能作为靶点进而研发新药。乙肝病毒最初是通过病毒包膜内的乙肝表面抗原与肝细胞表面的硫酸肝素蛋白多糖之间的低特异性相互作用而附着着。然后，在HBsAg的pres1结构域的75个n端氨基酸和牛磺胆酸钠共转运多肽(NTCP)之间，发生高度特异性的相互作用，NTCP是肝细胞特异性的胆盐转运体和HBV细胞受体。
乙肝病毒粒子经过受体介导进入后，含有松弛环状DNA（rcDNA）基因组的核衣壳，被释放到细胞质中，并运输到核。利用涉及DNA修复机制成分的核宿主细胞因子，释放的rcDNA被转化为共价闭合环状DNA（cccDNA），这是乙肝病毒的信使RNA（mRNA）的稳定的外染色质转录模板。编码结构蛋白和调控蛋白的亚基因组mRNA和大于基因组长度的前基因组RNA（pgRNA）均是由cccDNA转录。
pgRNA与病毒聚合酶，一起被包衣到病毒衣壳中。pgRNA通过一系列的复杂的步骤，在核衣壳内发生逆转录，形成rcDNA或双链线性DNA（dslDNA）。在这一过程中，会形成许多复制中间体，在某些情况下，还会被分泌。HBV感染细胞产生的病毒，它们的主要形式是含有rcDNA的核衣壳，它们可以被包膜并作为病毒粒子分泌，或者循环回到细胞核，以现有未知的速度，增加或补充核内的cccDNA池。