年的《中国慢性乙型肝炎防治指南》指出，慢性乙型肝炎的治疗目标是，最大限度地抑制乙型肝炎病毒的复制，减轻肝细胞炎性坏死以及肝脏纤维组织增生，延缓和减少肝功能衰竭、肝硬化失代偿、肝细胞癌等其他并发症的发生。
1.低病毒血症
乙肝低病毒血症，是指乙肝患者经过一年以上的核苷（酸）类似物治疗后，体内HBV-DNA的水平有明显下降，但是我们仍然可以间断的检测HBV-DNA，或者持续性检测到HBV-DNA，并且每次检测的结果都是HBV-DNA维持在2,IU/ml以下。出现低病毒血症，就说明患者未能完全发生病毒学应答，体内的乙型肝炎病毒还没有被完全清除，仍会导致肝损伤和肝纤维化。从最新的研究数据来看，低病毒血症患者发生肝硬化失代偿和肝癌的风险，要比持续病毒抑制的患者高10倍左右。
对于第一次抗病毒治疗没有形成完全免疫应答的患者，低病毒血症还可能影响后续对药物的耐药性，更容易产生耐药反应，进而影响应答的形成。所以，如果不及时处理低病毒血症，会对患者造成损害，有出现肝硬化、肝癌的风险。
2.治疗不全面
在服用恩替卡韦等抗病毒药物，已经出现了肝功能的异常，说明肝脏已经受到损伤，此时只抗病毒，不进行保肝抗炎治疗，那么肝脏损伤持续存在，在不断受损修复时，肝硬度值已经出现了升高，这种情况下在单纯进行抗病毒治疗是不全面，我们知道，抗病毒治疗只是单纯的抑制病毒的复制，并不能阻止已经出现纤维化的进程，导致了发展成肝硬化。
另外，如果乙肝合并了其他的肝脏疾病，如脂肪肝、药物肝等，那么在抗病毒治疗的同时还要针对其他病情进行治疗，降低对肝脏的损伤，只抗病毒无法有效阻止肝脏纤维化的发展。