过去一直认为乙肝“大三阳”是病毒复制活跃的标志，传染性大，对人体威胁自然就大，如果“大三阳”能够转变成“小三阳”则表示乙肝病毒复制减弱，传染性降低，对人体危害相对减轻，故而认为乙肝“小三阳”要比“大三阳”好但是，随着乙肝研究深化，发现以前这一定论并非完全正确，有时候乙肝“小三阳”比“大三阳”带来的威胁更大，这是怎么回事呢？
如果化验乙肝病毒五项指标（也称“两对半”），结果表现为HBsAg（乙肝病毒表面抗原）、HBeAg（乙肝病毒e抗原）和HBcAb（乙肝病毒核心抗体）三项指标同时阳性，即所谓的“大三阳”。“大三阳”标志着乙肝病毒感染及病毒高度繁殖复制，患者具有高度的传染性。乙肝病情的不同发展阶段（急性乙肝、慢性乙肝、肝硬化以及部分无症状的乙肝病毒携带者状态）都可以表现为“大三阳”，具体判断依据尚须结合患者病史、临床表现及其他检查（肝功能、超声等）。“大三阳”确实说明其传染性较强，但不能说明其肝炎病情较重。应结合其他条件具体判定。
如果乙肝五项指标表现为HBsAg，HBeAb（乙肝病毒e抗体）和HBcAb三者同时阳性，便称为“小三阳”。在急性乙肝过程中出现“小三阳”常提示近期可能痊愈。而在慢性乙肝中出现“小三阳”可能有两种情况，一种情况是由HBV原始毒株感染产生的典型的慢性乙肝，常由“大三阳”转为“小三阳”，即其中的e抗原转阴，e抗体阳性表达。其意义为提示乙肝病毒繁殖复制减少或停止，传染性变低或消失，肝脏炎症减轻，肝功恢复正常，慢性乙肝逐渐减轻、稳定直至痊愈。而另一种情况是，临床上有不少“小三阳”表现的慢性乙肝患者长期e抗体阳性，而其病情反复，进展迅速，常很快发展为肝硬化、肝癌，或出现慢性重型肝炎，或急性重症肝炎，预后差。据研究表明，出现这种情况可能为乙肝病毒前C基因区变异株感染所致的异型慢性乙肝所致。在地中海沿岸、东南亚、远东等地区和国家多见，我国该类患者也不少。
乙肝病毒e抗原是乙肝病毒核心抗原中可降解的部分，通常在乙肝表面抗原阳性的情况中，与乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBV-DNA）保持一致，故其存在反映了病毒在体内的繁殖复制。乙肝病毒e抗原阳性的血具有高度的传染性，其持续阳性提示肝脏可能有慢性损害。而e抗体为人体相对e抗原产生的抗体，属非保护性抗体，但传统一直认为e抗体阳性，表面病毒复制趋于静止，肝脏损伤微或无损伤，血液很少有传染性。可临床上确实发现许多患者长期为乙肝“小三阳”，但病情重、易反复、进展快，转氨酶易波动，干扰素等抗病毒治疗效果差，常发展为肝硬化、重型肝炎，预后不佳。所以，先将e抗体阳性（乙肝“小三阳”）的慢性乙肝分为两种：一种为经典慢性乙肝，为乙肝病毒感染，先有e抗原阳性（即“大三阳”），病情较重，病毒复制活跃，其后出现系统转换，e抗原转换成e抗体，提示乙肝病毒减少，肝脏炎症减轻，肝功能恢复正常。临床表现一过性加重后逐渐减轻至痊愈。另一种则为前C基因区变异的毒株感染的慢性乙肝，亦为乙肝“小三阳”，但乙肝病毒脱氧核糖核酸为阳性，无e系统转换过程。这种慢性乙肝易发生重症肝炎和慢性重症肝炎，病情易反复，治疗效果差，预后不良。
因此，“小三阳”并非全是好事，应具体分析和进一步采用PCR法测定HBV-DNA是否存在，警惕有一部分“小三阳”比“大三阳”的患者预后更差一些。